Каталог / БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ / Биофизика

Изучение термостабильности и эластичности элементов вторичной структуры ряда белков методом молекулярной динамики

Диссертация

Автор: Оршанский, Игорь Александрович

Заглавие: Изучение термостабильности и эластичности элементов вторичной структуры ряда белков методом молекулярной динамики

Справка об оригинале: Оршанский, Игорь Александрович. Изучение термостабильности и эластичности элементов вторичной структуры ряда белков методом молекулярной динамики : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.00.02 / Оршанский Игорь Александрович; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова] - Москва, 2009 - Количество страниц: 110 с. ил. Москва, 2009 110 c. :

Физическое описание: 110 стр.

Выходные данные: Москва, 2009






Содержание:

Список сокращений
Введение
Глава 1 Элементы вторичной структуры белковых молекул
11 р-структуры — типичный мотив укладки белков паутинного волокна
111Химия, структура и функция
112Источники и клонирование белков паутинного волокна
12Сигнальные пептиды — участки белка с конформацией а-спирали
121Классы N-концевых сигнальных пептидов
122Внутренние сигнальные последовательности
123Сигнальные пептиды и функционирование белков вируса гепатита С
13 Постановка задачи исследования
Глава 2 Метод молекулярной динамики
21Физические основы метода МД
22 Валентные взаимодействия
23 Невалентные взаимодействия
24 Численное интегрирование
25 Поддержание постоянной температуры
251 Термостат Берендсена
252 Столкновительный термостат
253 Стохастическая динамика
26 Поддержание постоянного давления
27 Неравновесная молекулярная динамика
Глава 3 Динамика пептидных молекул в конформации а-спирали
312 Молекулярная динамика а-спиралей при температуре 300 К
32 Оценка стабильности вторичной структуры пептидов
321 Молекулярная динамика а-спирали полиаланина
322 Молекулярная динамика а-спирали сигнального пептида 1
323 Молекулярная динамика а-спирали сигнального пептида II
Глава 4 Динамика элементов паутинного волокна
41 Молекулярная динамика отдельных полиаланиновых пептидов в столкновительной среде:
411Протокол молекулярной динамики
412 Конформационное поведение отдельных полиаланиновых пептидов в столкновительной среде
413 Молекулярная динамика надмолекулярных комплексов из пяти пептидов поли-А
42 Управляемая молекулярная динамика надмолекулярных комплексов из пяти полиаланиновых пептидов
421 Исследуемая система и протокол моделирования
422 Управляемая молекулярная динамика комплексов полиаланиновых пептидов
44 Молекулярная динамика внутреннего пептида
442 Молекулярная динамика отдельных внутренних пептидов
443 Молекулярная динамика комплекса из пяти внутренних пептидов
45 Управляемая молекулярная динамика комплекса из пяти внутренних пептидов
451 Исследуемая система и протокол моделирования
452 Управляемая молекулярная динамика надомолекулярного комплекса межаланиновых пептидов паутинного волокна



Похожие работы:
  • Изучение структуры и молекулярной динамики хлопковой целлюлозы и глобулярных белков методом спиновых меток и зондов
  • Изучение самоорганизации биополимеров методом молекулярной динамики
  • Исследование структуры детонационных волн методом молекулярной динамики
  • Исследование молекулярной динамики и структуры эластомеров методом ядерной магнитной релаксации
  • Изучение вторичной и третичной структуры рибосомных белков из малой 30S субчастицы Escherichia coli
  • Моделирование обратных мицелл методом молекулярной динамики
  • Моделирование углеродных наноструктур и их свойств методом молекулярной динамики
  • Исследование устойчивости метастабильных фаз и кластеров методом молекулярной динамики
  • Исследование свойств фуллеренов и нанотрубок методом молекулярной динамики
  • Математическое моделирование сильновзаимодействующих систем методом молекулярной динамики