Каталог / БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ / Биофизика

Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков

Диссертация

Автор: Сутормин, Роман Александрович

Заглавие: Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков

Справка об оригинале: Сутормин, Роман Александрович. Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.00.02 Москва, 2007 113 c. : 61 07-1/661

Физическое описание: 113 стр.

Выходные данные: Москва, 2007






Содержание:

1 Введение
11 Актуальность темы
12 Цели и задачи работы
13 Научная новизна
14 Практическая значимость
15 Апробация работыВ
2 Обзор литературы
21 Мембранные белки
22 Эволюция мембранных белков
23 Важность трансмембранных белков
24 Классификация трансмембранных белков по Сайеру
25 Кристаллизация мембранных белков
26 Вторичная структура мембранных альфа-спиральных белков
27 Скрытые марковские модели
28 Матрицы замен
29 Сравнение структур мембран бактерий и эукариот
210 Использование НММ для разметки мембранных альфа-спиральных сегментов
211 Позиции, определяющие специфичность
3 Эволюционные особенности аминокислотных последовательностей мембранных белков бактерий и эукариот
31 Методы
311 Основная выборка (бактериальные транспортеры)
312 Кластеризация и выравнивание
313 Определение мембранных ядер
314 Построение матриц частот замен
315 Контрольные выборки
32 Обсуждение результатов
321 Мембранные сегменты и ТМ-ядра основной выборки
322 Аминокислотный состав ТМ-ядер основной выборки
323 Внутренняя согласованность матриц серии BATMAS
324 Сравнение матриц
325 Свойства матрицы BATMAS30
326 Функциональная схожесть аминокислот в ТМ-ядрах
33 Подведение итогов
4 Предсказание вторичной структуры мембранных белков
41 Методы
411 Построение тестовой выборки
412 Построение достоверной мембранной разметки
413 Методы предсказания мембранной разметки по выравниванию
414 Оценка качества работы метода ТМНММ
415 Оценка качества предсказания
42 Обсуждение результатов
43 Использование метода FWDBCK в качестве модуля алгоритма SDPPred
5 Канальная ориентация спиралей мембранных белков
51 Методы
511 Позиционная корреляция для групп аминокислот
512 Аминокислотные веса склонности смотреть в канал
513 Канальный момент
52 Результаты
6 Предсказание и анализ трансмембранных сегментов каналов семейства MIP
61 Описание процедур и алгоритмов
62 Результаты
Выводы



Похожие работы:
  • Выравнивание аминокислотных последовательностей: анализ существующих методов и разработка новых алгоритмов
  • Выявление аминокислотных остатков, определяющих специфичность ферментов семейств альфа-бета гидролаз и пенициллин-связывающих белков, методами биоинформатического анализа
  • Метод распознавания аминокислотных последовательностей в масс-спектрах пептидов для задач протеомики
  • Банк образов белковых семейств Prof-pat для быстрой идентификации аминокислотных последовательностей
  • Исследование структуры и механизма функционирования ретиналь-содержащих мембранных белков: кристаллизация и фиксация промежуточных состояний белков в кристаллах
  • Разработка компьютерных методов сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей неограниченной длины
  • Влияние точечных аминокислотных замен на структуру и и функции белков
  • Использование спектроскопии кругового дихроизма для анализа супервторичной структуры нативных и денатурированных белков
  • Кристаллизация мембранных белков методом in meso
  • Структурно-функциональная организация ионтранспортирующих мембранных белков